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研究生物分子体系的分子动力学程序包。它的用途分以下三个方面:
1. 用分子动力学、随机动力学或者路径积分方法模拟溶液或晶体状态下的任意分子；
2. 任意分子的能量最小化；
3. 对从实验或计算机模拟得到的构象进行构象分析。
程序采用GROMOS力场。该力场可应用于化学与物理体系，研究范围包括从玻璃和液晶，到聚合物，到晶体和溶液中的生物分子。该力场的质量可以从众多科学文献看出。
GROMOS96的主要应用：
1. 预测分子构象对各种环境的依赖性，如对水、甲醇、氯仿、DMSO、非极性溶液、晶体等等的依赖性；
2. 通过评估不同分子联合体的自由能差计算相对结合常数，计算中使用热力学积分、微扰法和外推法；
3. 预测酶或DNA碱基对中由氨基酸修改引起的能量和结构的变化；
4. 基于NMR数据，使用限制的MD技术得到3D分子构型；
5. 使用3维或4维的MD或SD方法，软核相互作用、局部稳态方法搜索结构空间，进行复合物的动力学模拟；
6. 预测实验上无法做到的极限温度和压力条件下的材料性质。
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